Price et al. [ PBS93] beschrieben schon 1993 Forschungs-schwerpunkte, die auf dem Gebiet der Software-Visualisierung gesetzt werden sollten. Nach ihrer Einschätzung bestand zum damaligen Zeitpunkt eine der größten Herausforderungen darin, Visualisierungstechniken und Werkzeuge zu implementieren, die auch in realen Produktionssystemen (d.h. in der Praxis) und nicht nur im Rahmen universitärer Forschungen eingesetzt werden. Ähnliches wurde auch von Roman und Cox [ RoCo93] bekräftigt, die das "Loch" zwischen der Forschung im Bereich der Visualisierung und deren praktischer Anwendung in Programmierumgebungen oder Designwerkzeugen kritisierten.
Price et al. maßen der sorgfältig durchzuführenden empirischen Evaluation der verfügbaren (wie auch der zukünftigen) Visualisierungssysteme und –techniken eine besondere Bedeutung bei, um so deren Effektivität zu untersuchen. Die (Weiter-) Entwicklung und Bewertung der Anfang der 1990er Jahre noch in den Kinderschuhen steckenden Virtual-Reality-Techniken für die Exploration großer und komplexer (Software-) Räume wurde ebenso als Aspekt für weitere Forschungen gesehen.
Zwei Studien, die von Bassil/Keller bzw. Koschke im Zusammenhang mit der Anwendung der Software-Visualisierung durchgeführt wurden zeigten, dass den vor zehn Jahren benannten Punkten aus heutiger Sicht nur wenig hinzuzufügen ist. Obwohl die Software-Visualisierung Anfang der 1990er Jahre mit der Veröffentlichung der verschiedenen Taxonomien einen Höhepunkt erreicht hatte, wurde es versäumt, die Forschungsanstrengungen geeignet zu koordinieren. Die Taxonomien offenbarten eine Vielfalt interessanter Themen, die im Kontext der Software-Visualisierung wichtig erschienen. In der Folge waren jedoch kaum aufeinander abgestimmte Forschungsaktivitäten erkennbar.
Als Ausdruck für das recht unstrukturierte Forschungsgebiet mag man die Tatsache heranziehen, dass erst im Jahr 2002 mit VISSOFT (engl. "International Workshop on Visualizing Software for Understanding and Analysis") und 2003 mit SoftVis eigenständige Konferenzen ins Leben gerufen wurden, um die Visualisierungsszene zusammen zu fassen. Unter einem ähnlichen Gesichtspunkt sind auch die Äußerungen von Maletic et al. [ MMC02] zu verstehen, welche fordern, sich bei der Software-Visualisierung endlich auf die wirklich wichtigen Sachverhalte zu konzentrieren, die beim gegenwärtigen Software Engineering eine Rolle spielen.
Basierend auf der von ihm durchgeführten Studie benannte Koschke eine Reihe von Herausforderungen, die es zu lösen gilt und verknüpfte diese mit konkreten Forschungsanstrengungen. Grundsätzlich vertritt er die Ansicht, dass die Software-Visualisierung stärker als bisher in die Prozesse und Werkzeuge für Wartung, Reverse Engineering und Reengineering eingebunden werden muss. Die Systeme sollten für die gesamte Forschungsgemeinschaft verfügbar sein und gewisse Standard-Austauschformate unterstützen. Darüber hinaus fordert auch Koschke erneut die sorgfältigere Evaluation der schon existierenden (sowie der neu zu entwickelnden) Visualisierungssysteme und –techniken, um deren Effektivität bewerten und einschätzen zu können.